L-analiżi tal-purità tal-peptidi tipikament issir bl-użu ta' High-Performance Liquid Chromatography (HPLC). L-għan primarju tal-analiżi tal-ispettrometrija tal-massa huwa li tikkonferma l-piż molekulari; bħalissa, it-tekniki ewlenin użati għall-analiżi tal-peptidi huma Spettrometrija tal-Massa tal-Ionizzazzjoni tal-Electrospray (ESI-MS) u Spettrometrija tal-Massi ta' Desorbiment/Ionizzazzjoni tal-Matrix-Assisted Laser Desorbtion/Ionization (MALDI-MS).
L-analiżi tal-kompożizzjoni tal-aċidu amminiku turi t-tipi u l-kwantitajiet ta 'aċidi amminiċi preżenti f'peptide, filwaqt li l-prinċipju fundamentali sottostanti l-analiżi tas-sekwenza tal-aċidu amminiku huwa d-degradazzjoni ta' Edman.
Metodi għall-identifikazzjoni ta' strutturi sekondarji tal-peptidi jinkludu Dichroism Ċirkolari (CD), Reżonanza Manjetika Nukleari (NMR), diffrazzjoni tar-raġġi X-, fost oħrajn.
Matul il-proċess ta' sinteżi ta'-fażi solida, diversi impuritajiet-bħal sekwenzi ta' tħassir, sekwenzi ta' inserzjoni, peptidi akkoppjati ħażin, peptidi epimerizzati, u peptidi ossidizzati-jistgħu jiġu ġġenerati. L-identifikazzjoni ta' tali impuritajiet relatati mal-peptidi-tipikament titwettaq bl-użu ta' Kromatografija Likwida-Tandem Mass Spectrometry (LC/MS/MS); LC-MS jippermetti d-determinazzjoni preċiża tal-massa ta' peptide, filwaqt li MS/MS huwa utilizzat biex jiċċara s-sekwenza tiegħu. Barra minn hekk, tekniki kromatografiċi HPLC jistgħu jintużaw biex tinkiseb separazzjoni u skoperta effettivi.
Fis-sinteżi tal-peptidi tal-fażi solida-, l-effiċjenza tal-igganċjar hija primarjament evalwata billi tiġi identifikata l-preżenza ta 'gruppi amino ħielsa fuq ir-reżina; dan il-metodu ta 'skoperta huwa magħruf bħala t-test Kaiser (jew it-test ta' Ninhydrin). Jekk ikunu preżenti gruppi amino ħielsa, jiżviluppa kulur blu jew ħamrani-kannella.